卵巢囊肿顾名思义，可以直接称为「卵巢肿块」(Ovarian mass)，卵巢肿块包括了卵巢囊肿(Ovarian Cyst)和卵巢肿瘤(Ovarian tumor 或 Ovarian neoplasm)。卵巢肿瘤又分为良性的和恶性的，都称为「卵巢肿瘤」。卵巢囊肿有时是非赘生的(Non-neoplastic)，而一般有部分实心组 织的卵巢瘤，则是赘生的(Neoplastic)，前者全部都是良性，后者大约20%是恶性的。
卵巢囊肿中最常见的是功能性囊肿(Functional cyst)，包括滤泡囊肿(Follicular cyst)和黄体囊肿(Corpus luteum cyst)，这占大部份的卵巢囊肿。其它还有卵囊黄体囊肿(Theca-lutein cyst)，妊娠黄体肿瘤(pregnancy luteoma)及多囊性卵巢(Polycystic Ovary)肿瘤，又叫多囊肿性卵巢综合病征(Stein-Leventhal syndrome)，多囊性卵巢其实不是个肿瘤，只是卵巢比一般者大，且内含许多小小囊泡，它合并的问题是肥胖、不孕、稀发性月经等，此等患者的卵巢被膜(ovarian capsule)增厚。这些都属于功能性囊肿，至于子宫内膜异位囊肿(Endometriotic cyst)也是卵巢囊肿的一种，而非真正的赘生性卵巢肿瘤(Neoplastic ovarian tumor )。
功能性囊肿是卵巢在某一个周期不排卵，而使得滤泡持续增大，称为囊状滤泡(Cystic follicle)，当滤泡大到3.5公分以上，则称为滤泡囊肿(Follicular cyst)，由于都是良性。如果有排卵，则本来正常时就会形成一个黄体，但黄体内部出血并形成囊肿异常长大，变成黄体囊肿(Corpus luteum cyst)。滤泡囊肿和黄体囊肿通常过几天到两周左右，大部分会自动消失。