多是由于粘膜功能等因素出现了异常导致组织发生囊肿样变化。例如，由感染刺激引起的囊肿(如发生于上颌骨的牙周囊肿)，是由牙根感染或损伤后，根尖肉芽组织发生囊肿样变所致。