隐球菌主要引起中枢神经系统、肺和皮肤的病变，严重者可危及生命。播散病灶也可发生在长骨末端、关节、肝、脾、肾、心脏、睾丸、前列腺等器官。典型的受累组织含有胶胨状的酵母菌囊块，此乃由隐球菌囊膜多糖堆积而成，但仅有轻微的或无急性炎症的变化。严重者可发生败血症播散至全身各器官甚至引起死亡。